Zusammen mit seinen Partnern im Dreiervorsitz (die Niederlande und die Slowakei) erarbeitet Malta das Programm des Rates. Dieses Programm enthält die wichtigsten Arbeitsbereiche des Dreiervorsitzes in den 18 Monaten von Januar 2016 bis Juni 2017. Auf Grundlage dieses Programms stellt jeder der drei Mitgliedstaaten sein eigenes detailliertes 6-Monate-Programm auf und legt darin die wichtigsten Themen dar, die in diesem Zeitraum vorrangig behandelt werden sollen. 

Das Programm für den Dreiervorsitz beruht auf fünf wichtigen Punkten der strategischen Agenda, mit denen sich der Rat beschäftigen soll. Folgende Ziele werden von diesen fünf Prioritäten verfolgt: eine Union der Arbeitsplätze, des Wachstums und der Wettbewerbsfähigkeit sowie eine Union, die ihre Bürger vor Armut und sozialer Ausgrenzung schützt. Zudem dienen die Prioritäten dem Aufbau einer Union mit einer zukunftsorientierten Klimaschutzpolitik, einer Union der Freiheit, Sicherheit und des Rechts sowie einer als starker globaler Akteur agierenden Union.